22世紀の日本の新首都、新淡路市。日本連合艦隊所属の女性型女性サイズ超小型戦艦・シファとミスフィに守られながら、人工意識汎用プログラム「SILVER」が、その開発者であり彼女たちの生みの親・近江秀美の手によって、久しぶりにパッケージソフトとして午前0時発売のイベントで発売されることになった。しかし、そのセレモニーに現れる蠱惑的な姿の女性形ホログラフィ。その名はクドルチュデス。これまでシファたちの前に現れてきた脅威・ドクターラッティの放つ最強の刺客にして、社会インフラ管理から行政統合システムを超えて世界を統合する希望をもって生まれたSAISを破壊しかねない強力なプログラムの巡洋戦艦である彼女。その出現とともに、ここまで戦ってきたシファの内面にある変化の兆候。そこでシファたちを建造した各界の第一人者・クラブ・プリンセス・プラスティックの人々が、再び「世界で一番心配症なシファたちのお父さん」となって集結し、シファたちとクドルチュデス、そしてその開発者・近江秀美とそのライバル・ドクターラッティとの直接対決へ。
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