前作グリッドクラッカーズで戦端が開かれた女性型女性サイズ戦艦・シファとミスフィと、アジア共同体行政システムSAISを巡るドクター・ラッティとその最愛かつ最強のホログラフィドール・クドルチュデスの激戦。ラッティのみが作り得た侵入介入システム・アイランドNWSにより。SAISを守る天使隊、聖域要塞を破ったクドルチュデスは乗っ取りに成功、22世紀日本は、国際社会、さらには太陽系社会に波及する深刻なシステム機能不全に陥った。その機能を取り戻すべく、警視庁電子犯罪課の臨時職員・巡査補たちが聖域への逆侵入という冒険に挑む。そしてシファとミスフィのアップデートを急ぐ、彼女たちの親に当たるエンジニア・近江秀美。戦いは未来行政システムから論理空間を巡る戦いへ。
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